La commune de Rothonay est membre de 4 groupement(s)
| # | Nom groupement | Membres | Dpt |
|---|---|---|---|
| - | CC Terre d'Émeraude Communauté | 92 | 39 |
| - | SI des eaux de la région d'Orgelet | 9 | 39 |
| - | SI des eaux de L'Heute, La Roche | 13 | 39 |
| - | SM d'énergies, d'équipements et de communication (SIDEC) du Jura | 511 | 39 |